CaImAn（Python版）的使用

markdown # CaImAn的用途 CaImAn是三个Calcium Imaging Analysis的缩写，同时也是凯门鳄的英文单词，所以CaImAn的Logo使用了一只小鳄鱼。 CaImAn实现了一系列分析钙和电压成像数据所需的基本方法。它提供了快速且可扩展的算法。 # CaImAn的安装 首先要安装conda，conda主要是一个管理Python环境的软件，它允许同一台PC上存在多个Python环境已用于不同的程序。 推荐实际使用miniconda即可，在任意搜索引擎里搜索miniconda很容易找到下载地址。 完成miniconda的安装后，只需要以下几条命令和一定的等待时间就可以完成CaImAn的安装。 1. 安装包管理器mamba： conda install -n base -c conda-forge mamba # 在base环境中安装mamba，mamba可以更快地安装CaImAn 2. 安装CaImAn： mamba create -n caiman -c conda-forge caiman # 用mamba安装CaImAn 如果用mamba安装，卡住无法进行的话，就用conda安装，也可以的。 conda create -n caiman -c conda-forge caiman # 用conda安装CaImAn # CaImAn的示例代码 1. 使用时，首先激活caiman虚拟环境： conda activate caiman # 激活caiman 2. 使用caimanmanager创建一个示例目录： caimanmanager install # 创建示例目录，地址会在运行结束后给出 3. 进入示例目录并运行jupyter lab（jupyter notebook也可以）： cd ~/caiman_data # 进入示例目录 jupyter lab # 运行jupyter lab 4. 在jupyter lab里打开demos/notebooks/demo_pipeline.ipynb，此即为示例代码。 # 示例代码的解读 这段示例代码用markdown来做说明，可以以这些markdown说明来理解python代码块。在这篇文章中，我会介绍每个代码块的作用。 有些代码块在实际使用中可以连在一起，之所以被分开，最主要的原因是作者要在中间插入markdown来说明。 以下的序号代表对应的代码块。 1. 导入必要的库并设置基本参数 2. 设置日志和环境变量 3. 设置影像路径，实际使用要修改为我们自己的影像路径 4. 预览视频，如果影像很大，可以参考markdown中提到的处理方法 5. 创建最大投影、相关图像 6. 输出最大投影、相关图像 7. 设置参数 8. 将参数传给parameters对象 9. 检查参数的示例1 10. 检查参数的示例2 11. 查看可用的cpu核心数 12. 设置cpu集群，实际使用按需修改 13. 创建运动校正对象 14. 运动矫正 15. 对比运动校正前后（效果非常显著） 16. 创建校正后的最大投影、相关图像 17. 输出校正前后的最大投影、相关图像 18. 将矫正后的图像保存为内存映射文件 19. 重新设置多核处理的集群 20. 创建CNMF模型对象 21. 绘制CNMF模型中使用的图像块的宽度、重叠和步幅 22. 使用 cnmf_model 对象对图像数据进行拟合 23. 绘制CNMF模型的轮廓图 24. 二次拟合 25. 再画轮廓（清爽多了） # CaImAn在培养细胞钙成像分析中的应用